Le scénario
Un chercheur a besoin d’un pipeline reproductible pour établir une signature pronostique multigénique du carcinome hépatocellulaire à partir de cohortes transcriptomiques publiques.
Ce que contient ce dessin
Comprenez les décisions qui le sous-tendent.
01
Utiliser TCGA comme cohorte de découverte et des jeux de données GEO pour une validation indépendante
02
Appliquer une sélection par modèle de Cox univarié avant LASSO afin de réduire la dimensionnalité
03
Utiliser la séparation Kaplan-Meier et l’évaluation pronostique indépendante comme étapes de validation
Réutilisable pour des workflows similaires de découverte de signatures géniques en cancérologie lorsque des données publiques d’expression et de survie sont disponibles.