実際の動作を見る
デンドログラムの例
同じツールに4つの依頼。以下の図はすべて実際に生成されたものです。
入力する内容
BRCA1、BRCA2、RAD51をDNA修復クラスター、EGFR、ERBB2、MYCを増殖シグナルクラスターとする遺伝子発現クラスタリングのデンドログラムを作成し、クラスター距離のスケールと3の位置にカットラインを入れてください。
次に試すTP53のサンプルを追加してください。カットラインを2.5に変更してください。
系統樹 · Newick + NHX extensions · schematex-phylo
生成された図
デンドログラムとは
デンドログラムは、項目が段階的に大きなグループへまとまっていく様子を示す樹形図です。葉は個々の項目を表し、内部の枝は2つのクラスターや系統が結合する位置を示します。
階層クラスタリングでは、結合の高さがグループを結合したときの距離や非類似度を表します。デンドログラムは、グループの入れ子構造に焦点を当てる場合、分類階層や系統階層の表示にも使えます。
- Standard
- Newick + NHX extensions
- Engine
- schematex-phylo
- Editable
- Double-click text, drag nodes
- Export
- SVG · PNG · PDF
利用者
デンドログラムを使う人
サンプル、遺伝子、種を類似度でグループ化し、詳しい分析の前に主要なクラスターを確認します。
階層的なセグメントや、関連する観測値がクラスターに加わる順序を説明します。
授業やレポートで、入れ子になった分類群をコンパクトな図で示します。
使い方
3ステップでデンドログラムを作成する方法
01
説明する
まずは1段落で十分です。
“BRCA1、BRCA2、RAD51をDNA修復クラスター、EGFR、ERBB2、MYCを増殖シグナルクラスターとする遺伝子発現クラスタリングのデンドログラムを作成し、クラスター距離のスケールと3の位置にカットラインを入れてください。”
02
図を確認
最適なエンジンで描画します。
03
変更点を伝える
編集のたびにバージョンを保存します。
TP53のサンプルを追加してください。
V2 · DRAWN FROM V1, NOTHING RETYPEDよくある質問
よくある質問
デンドログラムとは何ですか？
デンドログラムは、階層的な関係を示す樹形図です。葉は個々の項目を表し、内部の枝はクラスターやグループが結合するタイミングを示します。
デンドログラムの高さは何を意味しますか？
階層クラスタリングのデンドログラムでは、結合の高さがクラスターを結合したときの距離や非類似度を表します。高い位置で結合するグループは、低い位置で結合するグループより類似度が低いことを示します。
デンドログラムはどのようなデータに使いますか？
デンドログラムは、バイオインフォマティクス、機械学習、市場調査、言語学における階層クラスタリングで使われます。分類関係や系統関係を示すこともできます。
デンドログラムと系統樹はどう違いますか？
デンドログラムは、入れ子構造のグループとクラスタリング距離を示す一般的な図です。一方、系統樹は進化に関する仮説を表し、遺伝的変化や時間を示すために枝の長さを使うことがあります。
関連ツール
