看看實際效果
樹狀圖範例。
同一款工具,四種需求。下方每張圖都是實際產生的成果。
輸入內容
建立基因表現分群樹狀圖:將 BRCA1、BRCA2 與 RAD51 歸為 DNA 修復群集,將 EGFR、ERBB2 與 MYC 歸為生長訊號傳遞群集,加入群集距離刻度,並在 3 處設定切割線。
接著試試加入 TP53 樣本。將切割線改為 2.5。
系統樹 · Newick + NHX extensions · schematex-phylo
產生的圖表
什麼是樹狀圖。
樹狀圖是一種呈現項目逐步合併成更大群組的圖表。葉節點代表個別項目,而每個內部分支則標示兩個群集或譜系合併的位置。
在階層式分群中,合併高度代表群組合併時的距離或差異程度。當重點是呈現群組的嵌套關係時,樹狀圖也能用來顯示分類學或系統發育階層。
- Standard
- Newick + NHX extensions
- Engine
- schematex-phylo
- Editable
- Double-click text, drag nodes
- Export
- SVG · PNG · PDF
適用對象
誰會使用樹狀圖。
依據相似度將樣本、基因或物種分組,並在進一步分析前檢視主要群集。
說明階層式區隔,以及相關觀測值加入群集的順序。
在課程或報告中,以精簡圖表呈現嵌套的分類群組。
運作方式
三步驟建立樹狀圖。
01
描述需求
寫一段話就能開始。
“建立基因表現分群樹狀圖:將 BRCA1、BRCA2 與 RAD51 歸為 DNA 修復群集,將 EGFR、ERBB2 與 MYC 歸為生長訊號傳遞群集,加入群集距離刻度,並在 3 處設定切割線。”
02
查看圖表
由合適的繪圖引擎產生。
03
提出修改
每次修改都會保留版本。
加入 TP53 樣本。
V2 · DRAWN FROM V1, NOTHING RETYPED常見問題
常見問題
什麼是樹狀圖?
樹狀圖是一種呈現階層關係的樹形圖表。葉節點代表個別項目,內部分支則顯示群集或群組合併的時間點。
樹狀圖的高度代表什麼?
在階層式分群樹狀圖中,合併高度代表群集加入時的距離或差異程度。較高的合併表示這些群組的相似度低於較低位置合併的群組。
樹狀圖適合用於哪些資料?
樹狀圖可用於生物資訊、機器學習、市場研究與語言學中的階層式分群,也能呈現分類學與系統發育關係。
樹狀圖與系統發育樹有何不同?
樹狀圖是呈現嵌套群組與群集距離的通用圖表。系統發育樹則專門表示演化假說,通常以分支長度呈現遺傳變化或時間。
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